日本大学当中，东京大学有29个专业位列世界大学专业排名前50，京都大学紧随其后有17个专业位列世界大学专业排名前50，而东京工业大学则有9个专业位列其中。日本总计有8个专业出现在世界大学专业排名前10名之列，分别是建筑/建筑环境——东京大学(10)、化学——东京大学(9)、牙科——东京医科齿科大学(6)、化学工程——东京大学(8)和京都大学(10)、土木工程——东京大学(10)、现代语言文学——东京大学(6)、药学与药理学——东京大学(10)。

　　世界大学专业排名当中，日本的大学在化学(6所大学上榜)、材料科学(5所大学上榜)、物理与天文学(5所大学上榜)、化学工程(5所大学上榜)、生物科学(3所大学上榜)、地球与海洋科学(3所大学上榜)、土木工程(3所大学上榜)、工程机械/航空和制造(3所大学上榜)、政治与国际研究(3所大学上榜)展现了较强的群体性优势。